Estimasi Parameter Super Pairwise Alignment pada Kombinasi Virus Dengue Menggunakan Particle Swarm Optimization

Authors

  • Dinita Rahmalia Universitas Islam Darul Ulum Lamongan
  • Arif Rohmatullah Universitas Islam Darul Ulum Lamongan
  • Mohammad Syaiful Pradana Universitas Islam Darul Ulum Lamongan

DOI:

https://doi.org/10.33633/tc.v18i3.2528

Keywords:

Estimasi Parameter, Super Pairwise Alignment, Pensejajaran Sekuens, Particle Swarm Optimization

Abstract

Di Indonesia terdapat empat jenis virus dengue atau demam berdarah. Untuk melihat tingkat kesamaan (similarity) antara dua sekuens virus, dibutuhkan proses pensejajaran pada sekuens virus. Metode yang digunakan untuk pensejajaran pada dua sekuens virus adalah Super Pairwise Alignment (SPA). Nilai fungsi objective pada SPA adalah nilai penalty antara dua sekuens virus. Karena nilai fungsi objective tergantung pada parameter SPA, maka pada penelitian ini nilai parameter SPA akan diestimasi menggunakan metode heuristik seperti Particle Swarm Optimization (PSO). Simulasi diterapkan pada enam kombinasi virus dengue untuk proses estimasi parameter SPA. Berdasarkan hasil simulasi pada enam kombinasi virus dengue, PSO dapat menemukan parameter SPA yang optimal secara pendekatan. Parameter SPA yang optimal juga dapat mengetahui posisi dan panjang dari unit sekuens yang mengalami penambahan atau penghapusan.

References

Pradana, M.S., Amiroch, S., 2019, Protein Sekuens Analysis of the Zika Virus and the Dengue Virus Using Smith Waterman Algorithm, AIP Conference Proceeding, vol. 2084, Depok, Agustus.

Shahab, M.L, Irawan, M.I., 2017, Sekuens Alignment Using Nature-Inspired Metaheuristic Algorithm, International Journal of Computing Science and Applied Mathematics, vol 3, hal 27-31.

Kennedy, J., Eberhart, R.C., 1995, Particle Swarm Optimization, Proceedings IEEE Int. Conf. Neural Network

Rahmalia, D., 2018, Teknik Penalti pada Optimisasi Berkendala Menggunakan Particle Swarm Optimization, JMPM : Jurnal Matematika dan Pendidikan Matematika, vol 3, hal 44-52.

Rahmalia, D., 2017, Particle Swarm Optimization-Genetic Algorithm (PSOGA) on Linear Transportation Problem, vol 1867, AIP Conference Proceeding, Surabaya, November.

Herlambang, T., Rahmalia, D., Yulianto, T., 2019, Particle Swarm Optimization (PSO) and Ant Colony Optimization (ACO) for Optimizing PID Parameters on Autonomous Underwater Vehicle (AUV) Control System, Journal of Physics : Conference Series, vol. 1211, Jember, November.

Rahmalia, D., Herlambang, T., 2017, Prediksi Cuaca Menggunakan Algoritma Particle Swarm Optimization-Neural Network (PSONN), Prosiding Seminar Nasional Matematika dan Aplikasinya, Oktober.

Isaev, A., 2004, Introduction to Mathematical Methods in Bioinformatics, Springer, Berlin.

Shen, S.N., Tuszynski, J.A., 2008, Theory and Mathematical Model for Bioinformatics, Springer, Berlin.

Rao, S.S., 2009, Engineeringi Optimization Theory and Practice, John Wiley and Sons, New Jersey.

Downloads

Published

2019-08-30

Issue

Vol. 18 No. 3 (2019): Agustus 2019

Section

Articles

License

Penulis yang mempublikasikan artikelnya dalam jurnal ini setuju dengan ketentuan berikut :


  1. Hak cipta tetap pada penulis dan memberikan hak kepada jurnal Techno.Com sebagai prioritas pertama untuk mempublikasikan artikelnya dengan lisensi Creative Commons Attribution License yang memperbolehkan artikel untuk dapat dibagikan dengan pengakuan terhadap penulis artikel dan jurnal ini sebagai tempat publikasinya.
  2. Penulis dapat mendistribusikan publikasi artikelnya secara non-eksklusif (contoh : pada repository universitas atau pada buku) dengan pemberitahuan atau pengakuan publikasi di jurnal Techno.Com.
  3. Penulis diijinkan untuk mencantumkan karyanya secara online (misal : di website pribadi atau di repository universitas) sebelum dan sesudah proses pengiriman (lihat The Effect of Open Access).