Estimasi Parameter Super Pairwise Alignment pada Kombinasi Virus Dengue Menggunakan Particle Swarm Optimization

Dinita Rahmalia, Arif Rohmatullah, Mohammad Syaiful Pradana

Abstract


Di Indonesia terdapat empat jenis virus dengue atau demam berdarah. Untuk melihat tingkat kesamaan (similarity) antara dua sekuens virus, dibutuhkan proses pensejajaran pada sekuens virus. Metode yang digunakan untuk pensejajaran pada dua sekuens virus adalah Super Pairwise Alignment (SPA). Nilai fungsi objective pada SPA adalah nilai penalty antara dua sekuens virus. Karena nilai fungsi objective tergantung pada parameter SPA, maka pada penelitian ini nilai parameter SPA akan diestimasi menggunakan metode heuristik seperti Particle Swarm Optimization (PSO). Simulasi diterapkan pada enam kombinasi virus dengue untuk proses estimasi parameter SPA. Berdasarkan hasil simulasi pada enam kombinasi virus dengue, PSO dapat menemukan parameter SPA yang optimal secara pendekatan. Parameter SPA yang optimal juga dapat mengetahui posisi dan panjang dari unit sekuens yang mengalami penambahan atau penghapusan.

Keywords


Estimasi Parameter; Super Pairwise Alignment; Pensejajaran Sekuens; Particle Swarm Optimization

Full Text:

PDF

References


Pradana, M.S., Amiroch, S., 2019, Protein Sekuens Analysis of the Zika Virus and the Dengue Virus Using Smith Waterman Algorithm, AIP Conference Proceeding, vol. 2084, Depok, Agustus.

Shahab, M.L, Irawan, M.I., 2017, Sekuens Alignment Using Nature-Inspired Metaheuristic Algorithm, International Journal of Computing Science and Applied Mathematics, vol 3, hal 27-31.

Kennedy, J., Eberhart, R.C., 1995, Particle Swarm Optimization, Proceedings IEEE Int. Conf. Neural Network

Rahmalia, D., 2018, Teknik Penalti pada Optimisasi Berkendala Menggunakan Particle Swarm Optimization, JMPM : Jurnal Matematika dan Pendidikan Matematika, vol 3, hal 44-52.

Rahmalia, D., 2017, Particle Swarm Optimization-Genetic Algorithm (PSOGA) on Linear Transportation Problem, vol 1867, AIP Conference Proceeding, Surabaya, November.

Herlambang, T., Rahmalia, D., Yulianto, T., 2019, Particle Swarm Optimization (PSO) and Ant Colony Optimization (ACO) for Optimizing PID Parameters on Autonomous Underwater Vehicle (AUV) Control System, Journal of Physics : Conference Series, vol. 1211, Jember, November.

Rahmalia, D., Herlambang, T., 2017, Prediksi Cuaca Menggunakan Algoritma Particle Swarm Optimization-Neural Network (PSONN), Prosiding Seminar Nasional Matematika dan Aplikasinya, Oktober.

Isaev, A., 2004, Introduction to Mathematical Methods in Bioinformatics, Springer, Berlin.

Shen, S.N., Tuszynski, J.A., 2008, Theory and Mathematical Model for Bioinformatics, Springer, Berlin.

Rao, S.S., 2009, Engineeringi Optimization Theory and Practice, John Wiley and Sons, New Jersey.




DOI: https://doi.org/10.33633/tc.v18i3.2528

Article Metrics

Abstract view : 409 times
PDF - 445 times

Refbacks

  • There are currently no refbacks.


Bookmark and Share


Diterbitkan Oleh :

 

Jurnal Techno.Com terindex di :

    Screenshot-2024-02-11-at-17-10-53

Jurnal Teknologi Informasi Techno.Com (p-ISSN : 1412-2693, e-ISSN : 2356-2579) diterbitkan oleh LPPM Universitas Dian Nuswantoro Semarang. Jurnal ini di bawah lisensi Creative Commons Attribution 4.0 International License.